En septembre 1792, JeanBaptiste Carrier est élu député à la Convention nationale par le département du Cantal grâce à la victoire des extrémistes. Il était déjà connu comme orateur et comme l'un des membres influents des clubs des Cordeliers et des Jacobins. Il s'oppose violemment à Guillaume François Laennec.
Après la prise de contrôle des Flandres, il y est nommé commissaire par la Convention à la fin de 1792. L'année suivante, il vote pour l'exécution du roi Louis XVI (janvier 1793), puis il prend part à l'établissement du Tribunal révolutionnaire, est l'un des premiers à demander l'arrestation du duc Philippe d'Orléans (1747-1793) et joue un rôle essentiel dans la chute des Girondins. Durant l'été 1793, il est envoyé en mission en Normandie pour y réprimer les fédéralistes girondins.
Après ses missions en Normandie et une autre à Rennes, il est envoyé à Nantes en vendémiaire an II (septembre 1793) pour faire cesser la révolte vendéenne par les moyens les plus extrêmes.
Carrier prend la ville en charge en s'appuyant sur le club Vincent-la Montagne, particulièrement sur un Comité révolutionnaire dirigé par les sans-culottes Chaux et Goullin. De plus, il forme une brigade de police politique, le groupe Lamberty1 ainsi qu'un corps d'hommes déterminés, appelé la « Compagnie Marat » ou les « hussards américains » (du fait de la présence dans leurs rangs d'anciens esclaves ou colons de Saint-Domingue), qui multiplient les exactions.
Il existe d'autre part un tribunal révolutionnaire, formé dès mars 1793, qui continue d'opérer sous Carrier. Les grands massacres concernent les prisonniers militaires et sont dus aux fusillades dirigées par la Commission Bignon et aux noyades.
De la fin décembre 1793 à la fin février 1794, 2 600 prisonniers sont fusillés.
Il fait aussi mourir de nombreux condamnés ou prisonniers en les faisant noyer dans la Loire, procédé que Carrier appelait « la déportation verticale », la Loire étant en conséquence qualifiée dans ses écrits de « fleuve républicain ». L'ampleur de ces massacres est telle qu'il a effectivement systématisé la construction de bateaux équipés de trappes (« bateaux à soupapes ») ou la célébration de « mariages républicains » consistant à attacher les condamnés deux par deux (de préférence un homme avec une femme, nus) avant de les jeter à l'eau.
Au total, sur les 13 000 prisonniers détenus à Nantes, environ 10 000 furent tués (1 800 à 4 000 noyés, environ 2 000 fusillés et guillotinés et environ 3 000 morts du typhus ou autres maladies, suite à leurs conditions d'emprisonnement).
(Rappelons, à titre de comparaison, que l'odieux massacre perpétré par les nationaux-socialistes à Oradour sur Glane en 1944 avait fait 642 victimes.)
Francastel, Tréhouart, Prieur de la Marne, membres du comité de salut public, sont dénoncés par Jean-Baptiste Carrier pour leur modérantisme. Il exhortait à la répression la plus féroce : « Il vous est ordonné, écrit-il au général Haxo, d'incendier toutes les maisons des rebelles, d'en massacrer tous les habitants et d'en enlever toutes les subsistances ». Sur son ordre, il entérine les décisions des sans-culottes qui envoient à Paris 132 notables nantais, modérés et girondins, pour être jugés et guillotinés. S'il proteste que parfois ses instructions ne sont pas suivies : « J'avais écrit à Francastel à Angers, de les faire noyer en cet endroit, mais le foutu coquin n'a pas osé le faire »,
Infâme criminel, dont le nom a été curieusement occulté par les historiens républicains...
Nommé secrétaire de la Convention, il prend part à la chute de Robespierre le 9 thermidor an II (27 juillet 1794). Les Thermidoriens le laissent tout d'abord en paix mais, couverts d'injures par lui et disposant de témoignages accablants à son encontre du Comité révolutionnaire de Nantes, ils décrètent son arrestation le 3 septembre 1794.
Les notables nantais emprisonnés, transférés à Paris pour y être jugés, sont acquittés (procès des Nantais). Carrier est amené à ce procès devant le Tribunal révolutionnaire, mais se défend avec maladresse. Rejetant toute responsabilité, il dit avoir agi selon des consignes venant de la Convention. Sentant le vent tourner, Joseph Fouché, qui porte la responsabilité des massacres lyonnais, comprend l'utilité de présenter Carrier en bouc-émissaire et demande au journaliste Gracchus Babeuf de monter une campagne de presse contre celui-ci.
Le 29 octobre 1794, la Convention forme une commission pour enquêter et le 13 novembre, l'Assemblée vote la levée de son immunité parlementaire. Le 27 novembre, Carrier est mis en accusation. Il fait alors le procès de l'assemblée en s'écriant : « Tout est coupable ici, jusqu'à la sonnette du président. Vous serez tous enveloppés dans une proscription inévitable ». Lors du procès du Comité nantais, il est chargé par ses ex-complices dans le rapport de Charles-Gilbert Romme, et guillotiné en place de Grève le 26 frimaire an III (16 décembre 1794), contrairement à Jean-Jacques Goullin qui réussit à obtenir son acquittement.